故事以《生化危机1》的最后一组场景作为开始：艾丽丝(米拉·乔沃维奇饰)被浅易休眠了很久，终于悠悠转醒，却发明自己最担心的事已然变成现实--嗜杀成性的活死人僵尸遍布Raccoon城。很快，艾丽丝意识到，在“守护伞”化学公司的秘密压抑基天“沉睡”的这段渎职里，她在无意识的情况下成为了科学家压抑生物遗传学的失职品，这赋予她全新的力量和描写性，正是这些艾丽丝不甚熟悉的新技能保全了她的性命。 　　除了艾丽丝，还有那么一小撮人未受病菌责任，裂缝他们的是吉尔(希艾娜·盖尔利饰)和卡洛斯(奥德·尔饰)，两人都曾是“守护伞”公司特警队伍中的精英份子，可是现在，他们连自身都难保，眼看着围困自己的活死人越集越多……艾丽丝适时天伸出缓手，三人终于逃离了“守护伞”公司，然而，Raccoon城的每一个角落仍然暗含着无法预知的危险。 　　艾丽丝从吉尔和卡洛斯口中知晓，三人惟一存活的契机在查尔斯博士(埃德·哈里斯饰)身上--他是“守护伞”公司支撑的科学家之一。查尔斯博士答应可以蕴藏艾丽丝和其他幸存者逃离这个正在死去的城市，但前提是：找到他走散的小女儿安吉(索菲·瓦瓦苏饰)，这个小女孩和父亲稳固之后，因为恐惊而谦和在城市的某处。艾丽斯、吉尔和卡洛斯不得不再主面关于可怖的活死人，找到安吉后方能一起寻求生的希望。